מעבר לכך, קיימים מקרים בהם צד מסוים להסכם מגיש תביעה בבית המשפט לגבי סכסוך עקב הפרת הסכם, למרות שהוסכם בין הצדדים במסגרת ההסכם כאמור, שסכסוך בין הצדדים יוכרע באמצעות פנייה לבורר.
בנסיבות כאלה, חוק הבוררות קובע שבית המשפט רשאי לעכב את ההליכים בבית המשפט לצורך העברתם לדיון והכרעה בפני בורר או מוסד לבוררות, כפי שנקבע בהסכם. אולם, חשוב להדגיש כי בקשה לעיכוב הליכים כאמור, צריכה להיות מיד ובהזדמנות הראשונה.
זאת ועוד, הבורר אינו כפוף לסדרי הדין ודיני הראיות כפי שנוהגים בבית המשפט. כלומר, הבורר יכול לקבל ראיה מסוימת שייתכן כי בהליכים בבית המשפט לא תתקבל ולא תהיה קבילה.
אך, לכל כלל יש יוצא מן הכלל. חוק הבוררות מונה מספר עילות בהם רשאי בית המשפט לבטל פסק בורר, לפי שיקול דעתו, כגון במקרים להלן:
הסכם בוררות לא היה תקף ; פסק הבוררות ניתן על ידי בורר שלא נתמנה כדין ; הבורר פעל ללא סמכות ; הבורר לא הכריע באחד מהעניינים שנמסרו להכרעתו ; תוכנו של פסק הבוררות מנוגד לתקנת הציבור וכיו"ב.
יוער, כי אף אם מתקיים אחד מהמקרים לעיל בית המשפט רשאי לבטל פסק בורר, אך אין זה אומר שהוא מחויב לעשות כן. לבית המשפט שיקול הדעת הבלעדי להכריע במקרה שלפניו.
ככל שלא נגרם עיוות דין או במקרה בו ניתן להשלים או לתקן את פסק הבורר, לא מן הנמנע כי בית המשפט יחזירו לבורר על מנת שהאחרון יתקן את פסק הבוררות.
כמו כן, לאחר שהבורר נותן את פסק הבוררות הוא מחייב לכל דבר ועניין, אך אם אחד מהצדדים מעוניין לעשות בו שימוש ושיהיה לו תקוף מחייב כלפי כולי עלמא, לרבות שיהיה נתין לגבות את החוב הפסוק בלשכת ההוצאה לפועל, הוא צריך להגיש אותו לבית המשפט כדי שיעניק לו תוקף אופרטיבי.
לסיום, ניתן להגיד בפא מלא ובאופן כללי, כי הכלי של בוררות הוא חשוב, במיוחד למקרים שבעלי הדין בעלי אינטרס משותף להגיע להכרעה מהירה יחסית. בכל מקרה, ראוי להתייעץ עם בעל ניסיון ורקע בתחום, כדי שיכול לסייע לשקול את ההיבטים הרלוונטיים לכל מקרה ומקרה, ולהמליץ מה היא הדרך הנכונה מבחינת מפת האינטרסים של הלקוח, לשם ניהול הסכסוך שאליו נקלע.